پیداکردن موازی بلندترین زیررشته مشترک بین چند رشته dna

پایان نامه
چکیده

پیدا کردن بزرگ ترین زیرتوالی مشترک بین چندین توالی یکی از مسائل np-hard با کاربردهای فراوان در اکثر زمینه ها ازجمله بیوانفورماتیک می باشد. افزایش روزافزون پیچیدگی و اندازه داده های مولکولی، نیازمند روش های کاربردی موثرتری برای توالی های با اندازه های متفاوت است. الگوریتم های موازی برای این گونه مسائل با داده های با اندازه بزرگ بسیار مهم هستند. در این پایان نامه روشی برای حل مسئله mlcs با استفاده از الگوریتم های موازی و بستر سخت افزاری واحد پردازش گرافیکی بر اساس روش های کلاسیک حل این مسائل ارائه شده است. ماتریس امتیاز اساس کار روش های کلاسیک می باشد که هسته های واحد پردازش گرافیکی با پیمایش قطری، هر قطر این ماتریس را در یک لحظه محاسبه می کنند. نتایج ارزیابی در مقابل دو الگوریتم پرسرعت سری و موازی، با وجود پیچیدگی فضای محاسباتی بالا اما زمان اجرای بسیار پایین تر را نشان می دهد، به طوری که در اندازه های بالاتر طول دنباله ها، سرعت در حالت سری حدود 2000 برابر و در حالت موازی حدود 10 برابر الگوریتم های بررسی شده می باشد. تمام روش هایی که با استفاده از واحد پردازش گرافیکی ارائه شده اند در زمینه مسائل lcs که حالت خاصی از مسئله mlcs برای دو توالی هستند، الگوریتم هایی را ارائه کرده اند. واحدهای پردازش گرافیکی با تعداد هسته پردازشی زیاد برای مسائل با حجم انبوه داده که عملیات واحد یکسانی بر روی آن ها انجام می شود بسیار مناسب می باشند. پیدا کردن بزرگ ترین زیرتوالی مشترک بین چندین توالی نیز از این گروه مسائل می باشد.

منابع مشابه

الگوریتم مبتنی بر نقاط غالب برای یافتن بلندترین زیررشته مشترک چند رشته

یافتن بلندترین زیررشته مشترک چند رشته یک مساله شناخته شده است که در زمینه¬های گوناگون نظیر زیست¬شناسی و ژنومیک کاربردهای بسیار دارد. این مساله توسط محققان زیادی مطالعه شده است و پیچیدگی آن از جنبه¬های مختلف در طی سال¬ها بهبود یافته است. روش¬های مختلفی برای حل مسئله¬ی بلندترین زیررشته مشترک بین چندین رشته (mlcs) وجوددارد. روش¬های کلاسیک مبتنی بر روش¬های برنامه¬نویسی پویا از روش¬های ابتدایی حل مس...

وجود راه مشترک بین

AVNRT, (Atrioventricular nodal reentry tachycardia), atrial tachycardia and atrial flutter are 3 kinds of supraventricular tachycardia, which their mechanism are explained based on reentry. A 60-years-old man is presented with all of the above-mentioned arrhythmias, responsive to intravenous injection of adenosine. Radiofrequency ablation of the slow pathway territories cured all of them. There...

متن کامل

رسانش الکترونی رشته ( poly(dG)-poly(dCمولکول DNA در ساختار SWNT/DNA/SWNT

  In this work, using a tight-binding Hamiltonian model, a generalized Greens function method and Löwdins partitioning techniques, some of the significant properties of the conductance of poly(dG)-poly(dC) DNA molecule in SWNT/DNA/SWNT structure are numerically investigated. In Fishbone model, we consider DNA as a planar molecule which contains M cells and 3 further sites (one base pair site an...

متن کامل

مطالعه چند متغیره طیفی برهم کنش پورفیرین با رشته انتهایی dna انسانی

از سالها قبل تاکنون بررسی های مختلف روی ساختار رشته ی انتهایی dna، بنام تلومر که در پایانه ی کروموزومهای انسانی وجود دارد،انجام شده است. رشته های انتهایی dna غنی از گوانین، میتواند ساختار چهاررشته ای (با ایجاد پیوند هیدروژنی) تشکیل دهد، که به ساختار quadruplex g- (dna چهاررشته ای) معروف شد. این ساختار برای ضد سرطانی شدن رشته های انتهایی dna مورد توجه قرار گرفت، بنابراین علاقه ی زیادی برای تولید...

15 صفحه اول

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید

ذخیره در منابع من قبلا به منابع من ذحیره شده

{@ msg_add @}


نوع سند: پایان نامه

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه امام رضا علیه السلام - دانشکده مهندسی کامپیوتر

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023